医师的咨询侧重于药物资讯、处方用药必须顾忌和查阅的问题，包括药物的药效学与药动学、治疗方案和药品选择、国内外新药动态、新药临床评价、药物相互作用、基因组学和肝细胞色素同工酶对药物代谢的影响、妊娠及哺乳期妇女或肝肾功能不全者禁用药品、药品不良反应、药物与化学品的中毒鉴别与解救等信息。药师可着重从以下几个方面向医师提供用药咨询服务。
(一)提高药物治疗效果
1.新药信息随着药品研发和制药工艺的迅猛发展，新药和新剂型不断涌现，带给医师们更多的治疗选择，同时也带给他们更多的困惑，加上大量仿制药和“一药多名”现象更使得医师在处方时无所适从。此时需要给予医师们以信息支持，了解新药作用机制、作用靶位、药效学/药动学指标、临床评价等信息，为临床合理使用提供依据。
2.合理用药信息特别是在合理使用抗菌药物方面，由于抗菌药物种类多，在合理使用方面医师希望得到药师的信息咨询，如患者急性上呼吸道感染，高热不退，白细胞计数升高，有青霉素过敏史，痰培养结果对头孢哌酮、头孢曲松钠均高度敏感。开始选用头孢哌酮，皮试结果呈阳性。后改用左氧氟沙星等治疗皆效果不佳。咨询药师的用药意见，药师详细了解了患者情况之后，建议试用与头孢哌酮侧链化学结构差异较大的头孢曲松钠配成浓度为500μg/ml的稀释液进行皮试，结果呈阴性。在医护人员密切监护下缓慢静滴，未发现有过敏反应，用药3日后热退。尽管应用头孢曲松钠治疗存在一定风险，但基于患者对其他抗菌药物均不敏感，通过药师查阅相关文献，头孢曲松钠与头孢哌酮的侧链结构差异较大，且各种头孢菌素之间均无共同抗原决定簇，每种头孢菌素类药的抗原决定簇并不完全相同，单凭某一头孢菌素药皮试阳性结果就简单地停止应用所有头孢菌素类抗生素，将使患者失去合理用药和及时治疗的机会。
3.血药浓度监测(TDM)TDM是临床药学工作的一项重要内容。目前，治疗药物监测工作已从最初的对地高辛、氨基糖苷类抗生素、抗癫痫药的血药浓度监测扩展到对器官移植者的免疫抑制剂(环孢素、吗替麦考酚酯)的监测等。通过监测，及时了解每个患者的个体血浆药物水平，规避中毒风险，保证了治疗药物的安全有效，延长了患者的存活时间。
(二)降低药物治疗风险
1.药品不良反应(ADR) 药师要承接医师有关ADR的咨询，在及时发现、整理和上报ADR的同时，尚要搜寻国内外有关ADR的最新进展和报道，并提供给临床医师参考。如抗病毒药阿昔洛韦可致急性肾衰竭、肾功能异常及肾小管损害;利巴韦林可致畸、胎儿异常、肿瘤和溶血性贫血;人促红素可引起纯红细胞再生障碍性贫血;肝素诱发血小板减少症(HIT)，并由HIT而出现血栓并发症。长时间、大剂量应用头孢菌素类(头孢孟多、头孢唑林、头孢特仑匹酯、头孢泊肟匹酯、头孢曲松、头孢哌酮、头孢甲肟、头孢布烯、头孢唑肟、头孢克肟、头孢美唑)、碳青霉烯类(美罗培南、厄他培南、亚胺培南)、氧头孢烯类(拉氧头孢、氟氧头孢)、头霉素类(头孢米诺)等抗生素均可引起牙龈出血、手术创面渗血等反应。其缘于上述抗生素在分子中有一甲硫四氮唑结构，与谷氨酸分子结构相似。在肝脏微粒体中，与维生素K竞争性结合谷氨酸-γ羟化酶，可抑制肠道正常菌群，减少维生素K合成，导致维生素K依赖性凝血因子合成障碍而减少(低凝血酶原血症)而致出血。其发生凝血障碍与用量、疗程密切相关。因此，应用头孢菌素类等抗生素时，须注意长期应用宜适当补充维生素K、B;与抗凝药合用可致大出血，合用时应监测凝血功能和出血。
此外，药师对药品不良事件(ADE)、新药上市后被招回或撤市的案例，如抗震颤麻痹药培高利特导致的心脏瓣膜病;治疗肠易激综合征药替加色罗存在的严重的心血管不良事件风险(心绞痛、心脏病、中风);含钆造影剂(钆双胺、钆喷酸葡胺、钆贝葡胺等)应用于肾功能不全者所引起的肾源性纤维化和皮肤纤维化等。提示对ADR和ADE的防范不能松懈。
2.禁忌证药师有责任提示医师防范有用药禁忌证的患者，尤其是医师在使用本专业(科室)以外的药物时。如加替沙星对糖尿病患者可能增加患者出现低血糖或高血糖症状的隐患，并影响肾功能，故糖尿病患者禁用。
坦洛新为高选择性肾上腺素能α1受体阻断剂，其中α1受体又分为α1A、α1B、α1C受体亚型，α1A受体主要分布于前列腺、膀胱颈、尿道平滑肌，而α1B主要分布于血管平滑肌，坦洛新主要选择性阻断泌尿道平滑肌上的α1A受体，改善尿频、残尿和排尿困难等症状，主要用于治疗良性前列腺增生症，而非降压。因此，不能作为抗高血压药应用，尤其是女性。
急性胰腺炎伴脂质肾病、肿瘤患者不能静滴脂肪乳而改善营养和提供热量，其可致脂肪代谢严重紊乱，甚至死亡。
3.药物相互作用 氟喹诺酮类药培氟沙星等可致跟腱炎症，多发生于跟腱，约半数为双侧，如联合应用糖皮质激素更为危险，严重者可致跟腱断裂。
抗抑郁药氟西汀、帕罗西汀若与单胺氧化酶抑制剂(包括呋喃唑酮、异烟肼、异卡波肼、吗氯贝胺、帕吉林、司来吉兰等)合用，易引起5一羟色胺综合征，出现高热、兴奋、意识障碍、癫痫发作、肌阵颤、高血压危象，甚至死亡，两类药替代治疗时应至少间隔l4日。
羟甲戊二酰辅酶A还原酶抑制剂(他汀类)可抑制胆固醇(CH)的合成，降低血浆低密度脂蛋白(LDL—ch)、总胆固醇(TC)和三酰甘油(TG)的水平。但在治疗剂量下与对CYP3A4有抑制作用的药品如环孢素、依曲康唑、酮康唑、克拉霉素、罗红霉素、奈法唑酮等合用能显著增高本类药的血浆水平。尤其不宜与吉非贝齐、烟酸合用，可能出现肌无力的致死性横纹肌溶解症。因此，其初始剂量宜小，并将肌病的危险陛告之患者，叮嘱他们及时报告所发生的肌痛、触痛或肌无力，并每4～6周监测肝酶(AST、ALT)和磷酸激酶(CPK)、肌红蛋白水平。
